Нещо в мисията се обърква и е създадена алтернативна реалност, в която технологиите се развиват по съвсем различен начин, на световната политическа сцена се появява нова супер сила и се разразява Трета Световна война. Империята на изгряващото слънце е във възход на изток, превръщайки Третата Световна Война в тристранен конфликт между Съветите, Алианса и Империята, чиито армии воюват със странни и изключително ефективни оръжия като тежко въоръжени бойни цепелини, телепортации, бронирани мечки, интелигентни делфини, плаващи островни крепости и трансформиращи се танкове.
Red Alert 3 задава въпроса "Какво би станало, ако...”... Ако всеки ексцентричен научен проект и технологичен експеримент от последните 70 години всъщност е бил успешен? Какво би се случило, ако експериментът Филаделфия, теорията за пътуване във времето, телепортацията, невидимостта, технологията на Тесла и стотици други интригуващи научни проекти са дали резултат и са намерили масово приложение? Какво би станало, ако Съветският съюз бе оцелял и преуспял, как щеше да изглежда след 10 години? Какво щеше да стане, ако японската империя никога не беше се сгромолясвала, а в замяна на това се бе превърнала във върховната високотехнологична военна суперсила? Крайният резултат е стимулираща въображението визия на алтернативното бъдеще, изпълнено с вероятности.